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济宁市妇女儿童医院的前身为济宁市专区妇幼保健所,始建于1955年,1964年更名为济宁地区妇幼保健站,1988年改称济宁市妇幼保健院,1994年3月与市妇幼医院合并,称市妇女儿童医院,1997年经市政府批准,加挂济宁市第三人民医院牌子。改革开放以来,该院先后设置妇产科、儿科、新生儿科、内科、急诊科、外科、中医科、耳鼻喉科、口腔科、痔瘘科、眼科、麻醉科等临床科室,药剂科、检验科、放射科、功能科、手术室、供应室等医技科室,妇保儿保、健康教育、预防保健等社保科室。医院开放床位200张,现有职工175人,其中专业技术人员145人(中级以上职称62人)。拥有万元以上医疗设备80余台(套)。济宁市产前诊断中心和新生儿疾病筛查中心设在该院。
医院以保健为重点,以临床为依托,突出特色专科,妇产科、儿科和妇女儿童保健保偿服务是医院最显著的业务特色,在全市具有突出的技术优势。医院在全省率先开展了妇女儿童保健保偿服务,新生儿疾病(甲状腺功能低下、苯丙酮尿症)筛查,对查出的患儿免费治疗,在国内外具有很大影响,是全省首批达标单位。妇产科运用腹腔镜、宫腔镜技术诊治妇科疾病效果显著。新生儿危重症监护中心对新生儿缺氧缺血性脑病治疗达到国内先进水平。此外,医院在中医科治疗疑难杂症,口腔科人工种植牙、隐形义齿镶复,耳鼻喉—头颈外科治疗鼾症、头颈部肿瘤,痔瘘科中西医结合治疗各类痔、瘘等方面形成了独特的技术优势。医院目前占地2.4公顷,总建筑面积1.3万m2,其中门诊2645m2,病房4211m2,固定资产590万元。医院年健康检查2万余人次,新生儿疾病筛查7万余人次,门诊2万余人次,住院600余人次。